Logo Jabatan Akauntan Negara Malaysia telah dilancarkan oleh Y. B. Dato’ Dr. Jamaludin bin Mohd Jarjis, Menteri Kewangan II pada 20 Oktober 2003 bersempena dengan Majlis Perasmian Hari Kualiti Jabatan Akauntan Negara Malaysia. Majlis turut dihadiri oleh Y. Bhg. Tan Sri Samsudin Hitam, Ketua Setiausaha Perbendaharaan, Akauntan Negara Malaysia serta warga Jabatan Akauntan Negara Malaysia. Logo ini dihasilkan dari gabungan warna-warna seperti merah, biru dan kuning. Berikut merupakan penerangan kepada logo tersebut:-

Garisan Jalur Merah : Akauntabiliti dan singkatan bagi Akauntan iaitu huruf ‘A’

Garisan Jalur Biru : Profesionalisme dan singkatan bagi Negara iaitu huruf ‘N’

Garisan Jalur Kuning : Kualiti dan simbol tandatangan Akauntan Negara Malaysia

Gabungan Jalur Merah dan Biru : Singkatan bagi Malaysia atau huruf ‘M’

Skrin Komputer : Mencerminkan simbol pengiraan atau penyelesaian sesuatu masalah