1. Penilaian Laman Web / Portal Sektor Awam Tahun 2016
   Portal rasmi JANM diiktiraf 5 bintang bagi Provider-Based Evaluation (ProBE) 2016.
2. Malaysia User Satisfaction Evaluation (MUSE) 2016
   JANM telah mencapai keputusan 86% bagi Malaysia User Satisfaction Evaluation (MUSE) 2016.
3. Pencapaian KPI HRMIS JANM Tahun 2016
   JANM telah dianugerahkan pencapaian cemerlang KPI HRMIS 100% bagi tahun 2016.

1. Indeks Penarafan Bintang (Indeks SSR)
   Jabatan Akauntan Negara Malaysia telah mendapat Pengiktirafan 5 Bintang Agensi Sektor Awam bagi tahun 2015-2016 daripada MAMPU.
2. Penilaian Laman Web / Portal Sektor Awam Tahun 2015
   Portal rasmi JANM diiktiraf 5 bintang oleh Multimedia Development Corporation (MDeC).

Anugerah Khas Keselamatan Perlindungan Peringkat Kebangsaan bagi tahun 2013
JANM menerima pencapaian 4 bintang bagi Anugerah Khas ini daripada YBhg. Dato' Aloyah Binti Mamat, Ketua Pengarah Keselamatan Kerajaan.

Penilaian Laman Web / Portal Sektor Awam Tahun 2014
Portal rasmi JANM diiktiraf 5 bintang oleh Multimedia Development Corporation (MDeC).

Anugerah OpenGov
Jabatan Akauntan Negara Malaysia telah menerima Anugerah OpenGov bagi kategori “Excellence in Embracing Mobility Award” daripada MAMPU.

Anugerah Inovasi Sektor Awam Tahun 2015
Jabatan Akauntan Negara Malaysia telah memenangi tempat kedua dalam Anugerah Inovasi Sektor Awam 2015 bagi kategori Anugerah Inovasi Pengurusan Kewangan melalui Sistem Perakaunan Luar Negeri (SPLN).

Sijil Audit Bersih
Jabatan Akauntan Negara Malaysia telah menerima Sijil Audit Bersih bagi Penyata Kewangan Kerajaan Persekutuan Tahun 2013 pada 6 Jun 2014.

Sijil Penghargaan
JANM telah berjaya mencapai "Significantly Exceed Target - ST" bagi pencapaian Petunjuk Prestasi Utama (KPI) HRMIS Tahun 2013.

Penilaian Laman Web / Portal Sektor Awam Tahun 2013
Portal rasmi JANM diiktiraf 5 bintang oleh Multimedia Development Corporation (MDeC).

Amalan Persekitaran Berkualiti 5S
JANM telah dianugerahkan Sijil Amalan Persekitaran Berkualiti 5S mulai 21 Oktober 2011 hingga 20 Oktober 2012.

Sijil Audit Bersih
JANM telah menerima Sijil Audit Bersih bagi Penyata Kewangan Kerajaan Persekutuan Tahun 2010 pada 31 Mei 2011.

Penilaian Laman Web / Portal Sektor Awam Tahun 2010
Portal rasmi JANM diiktiraf 5 bintang oleh Multimedia Development Corporation (MDeC).

Sistem Star Rating Tahun 2010
JANM telah berjaya memperoleh penarafan 5 bintang daripada MAMPU bagi kategori Agensi Pusat dan Jabatan Utama (Di bawah ketua perkhidmatan).

Anugerah Inovasi Kementerian Kewangan
JANM telah mendapat tempat pertama dalam Anugerah Inovasi Kementerian Kewangan dengan projek "e-Penyata Gaji".

Anugerah Kualiti ICT (AKICT)
Sistem GFMAS mencatatkan kejayaan yang membanggakan apabila terpilih dalam senarai pencalonan akhir untuk Anugerah Kualiti ICT (AKICT) 2007.

Anugerah Hari Kualiti Kementerian Kewangan
Mendapat tempat kedua dalam pertandingan Laman Web peringkat Kementerian Kewangan.

Pensijilan MS ISO 9001:2000
JANM seterusnya telah dianugerahkan Sijil MS ISO 9001:2000 buat kali kedua pada 15 Julai 2004 bagi menggantikan Sijil MS ISO 9000:1994 yang telah tamat tempoh pada 31 Disember 2003. JANM telah meneruskan usaha pensijilan MS ISO 9001:2000 iaitu conversion kepada MS ISO 9000:1994.

Anugerah Hari Kualiti Perbendaharaan
Mendapat tempat kedua dalam pertandingan Laman Web dan Kumpulan Meningkat Mutu Kerja (KMK) dan mendapat tempat ketiga dalam pertandingan Inovasi.

Pensijilan MS ISO 9000
Jabatan Akauntan Negara Malaysia telah dianugerahkan sijil MS ISO 9000 perkhidmatan Awam pada 9 Ogos 2001. Majlis penyampaian sijil telah diadakan pada 12 November 2001. Skop pensijilan MS ISO 9000 adalah merangkumi 3 aktiviti iaitu:-

1. Pemprosesan tuntutan bayaran balik Wang Tak Dituntut di JANM Ibu Pejabat;
2. Pemprosesan baucer bayaran kecuali baucer bayaran gaji dan bayaran secara elektronik di JANM Cawangan Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur; dan
3. Penyediaan Akaun Awam Kerajaan Persekutuan di JANM Ibu Pejabat.

Anugerah Inovasi Perbendaharaan
Diterima pada Disember 1999 di atas kejayaan melaksanakan Sistem Pengurusan Wang Tak Dituntut.

Anugerah Laman Web Terbaik Jabatan
Diterima pada Disember 1999 di atas mengadakan laman web terbaik di antara Jabatan dan Bahagian di bawah Perbendaharaan Malaysia.

Anugerah Inovasi Perbendaharaan
Diterima pada November 1997 di atas kejayaan melaksanakan Sistem Bayaran Gaji melalui SG20 Online dan perlaksanaan PKPA melalui Sistem Kewangan dan Perakaunan Pengurusan (SKEPP) yang merangkumi:-

1. Sistem Perancangan dan Kawalan Belanjawan (SPKB)
2. Sistem Perakaunan Aset Semasa (SPAS)
3. Sistem Perakaunan Sumber Manusia (SPSM)
4. Sistem Perakaunan Mikro Berkomputer (SPMB)

Anugerah Inovasi Penyelidikan Bersama Sektor Awam dan Sektor Swasta
Diterima pada 20 Jun 1996 di atas kejayaan melaksanakan Standard Accounting System for Government Agencies (SAGA) bersama dengan MAMPU, Konsortium Jaya Sdn. Bhd. dan Jabatan Audit Negara Malaysia.

Anugerah Inovasi Perkhidmatan Awam
Diterima pada 20 Jun 1996 di atas kejayaan melaksanakan sistem-sistem seperti Sistem Perakaunan Mikro (SPM) berkomputer JANM, Sistem Perancangan Kawalan Belanjawan (eSPKB) dan Sistem Rangkaian Komunikasi Jabatan Akauntan Negara (AGNET) JANM.

Anugerah Khas Perkhidmatan Awam
Diterima pada 8 Oktober 1992 dalam bidang Pengurusan Teknologi Maklumat.